Ako pápež ho navštívil počas všetkých troch návštev Wadowíc – 1979, 1991, 1999. V roku 1992 Ján Pavol II. povýšil kostol Obetovaniu Panny Márie na baziliku minor. V bazilike sa nachádzajú štyri kaplnky. Svätokrížšska kaplnka s wadovickým obrazom Panny Márie Pomocnej korunovaným pápežom počas poslednej návštevy vo Wadoviciach. Kaplnka sv. Rodiny so sochami sv. Rodiny, na centrálnom mieste sa nachádza krstiteľnica, pri ktorej 20. júna 1920 prijal sviatosť krstu Karol Józef Wojtyła. Kaplnka ukrižovania, v tabernákulu sa nachádzajú relikvie svätcov: otca Pia, Šimona z Lipnice a Maximiliána Kolbe. V kaplnke svätého otca Jána Pavla II. na oltári leží relikviár s krvou Jána Pavla II. a nad ním obraz s patrónom kaplnky. V kaplnke sa nachádza socha Jána Pavla II. a pastorál pápeža Benedikta XVI. – pamiatka na pápežovu púť do Wadowíc v roku 2006.