Jednými z najdôležitejších zbierok nielen v Poľsku, ale v celej Európe, disponuje Národné múzeum v Krakove. V jeho početných pobočkách môžeme obdivovať tisíce umeleckých diel a exponátov. Začneme ale pri reprezentatívnej hlavnej budove, al. 3 Maja, kde sa nachádza napr. „Dievča s chryzantémami“ Olgy Boznańskej. V štruktúre Národného múzea možno rozlíšiť nasledujúce pobočky: Palác biskupa Erasma Ciołka (a v ňom „Madona z Krużlowej“ neznámeho autora), Galériu poľského umenia 19. storočia v Sukienniciach (v štyroch sálach sú prezentované diela napr. Jana Matejku, Józefa Chełmońského, Artura Grottgera alebo Henryka Siemiradzkého), Dom Jana Matejka, Dom Józefa Mehoffera (múzeum dopĺňa malebná záhrada podľa návrhu umelca), Dom Szołayských Feliksa Jasieńského, Múzeum kniežat Czartoryských (v múzeu možno obdivovať jeden z najcennejších obrazov v poľských zbierkach – „Dámu s hranostajom“ od Leonarda da Vinci), Knižnicu Czartoryských, Múzeum Emeryka Hutten Czapského a Centrum európskej kultúry „Europeum”. 

Do histórie Krakovho hradiska sa môžeme hlbšie ponoriť vďaka návšteve v Múzeu Krakova. Jeho hlavné sídlo sa nachádza na hlavnom námestí. Jedným z nadradených cieľov organizácie je kultivácia lokálnych tradícií (odtiaľ sa berie napr. od roku 1946 organizovaná súťaž krakovských betlehemov). Medzi početné pobočky a oddelenia Múzea Krakova patria: Barbakán a mestské hradby, Radničná veža, Stará synagóga (so stálou expozíciou „Dejiny a kultúra krakovských Židov), Schindlerova továreň (práve na tomto mieste nemecký podnikateľ Oskar Schindler zamestnával Židov, keď ich následne zapísal na tzv. Schindlerov zoznam, a tým ich zachránil od zavraždenia), Lekáreň U Orla, Ulica Pomorska, Dom Hipolitov (stála expozícia „Meštiansky dom“ vás prenesie späť v čase), Dejiny Nowej Hute, Celestat, Zwierzyniecký dom, Dom U Kríža, Múzeum Podgórze (s expozíciou „Mesto pod Krakovou mohylou“), Thesaurus Cracoviensis, Rydlówka, KL Plaszow. Zvláštnu pozornosť si zaslúži ešte jedna pobočka Múzea Krakova – v roku 2010 otvorené Podzemie rynku, ktoré sa môže pochváliť napr. stálou expozíciou „Po stopách európskych identít Krakova“ – multimediálne predstavenie, ktoré vás vďaka moderným technológiám dokáže vrátiť do doby stredoveku. 

To ale nie je všetko! Milovníci kontaktu s históriou a umením môžu navštíviť miesta ako: Múzeum PĽR, Archeologické múzeum (múzeum vzniklo v roku 1850, vďaka tomu ide o najstaršiu inštitúciu tohto typu v Poľsku), Židovské múzeum Halič (vytvorené v starej židovskej továrni na nábytok), Etnografické múzeum alebo Múzeum Zemskej armády gen. Emila Fieldorfa „Nila“ (jediné múzeum tohto druhu v Poľsku).

Zmieniť musíme tiež múzea Jagelovskej univerzity: Múzeum JU Collegium Maius (kde sa môžeme kochať predmetmi spojenými s dejinami vysokej školy, napr. astronomickými prístrojmi, ktoré používal Mikuláš Kopernik) a Múzeum farmácie JU (expozícia zahŕňa päť podlaží, vrátane pivnice a pôjdu, a jedna z miestností bola venovaná Ignacymu Łukasiewiczovi – vynálezcovi petrolejovej lampy a priekopníkovi petrolejárskeho priemyslu v Európe). 

Medzi zaujímavé krakovské múzea tiež patria: Ateliér a múzeum vitráže, Divadelná sýpka (Lamus Teatralny) (v roku 2016 otvorená expozícia pre tých, ktorí chcú poznať kulisy vzniku divadelného predstavenia), Múzeum mestských sietí (nachádza sa v historických halách najstaršej električkovej vozovne v Krakove), Múzeum japonského umenia a techniky „Manggha“ (zaujímavé je, že na vzniku tohto miesta sa podieľal režisér Andrzej Wajda fascinovaný dielami japonských umelcov), Centrum skla a keramiky Lipowa 3, Záhrada prežitkov (senzorický vedecký park pre deti a mládež), Múzeum poistenia (jediné svojho druhu na svete), Múzeum jantáru, Cricoteca (v budove bývalej elektrárne sa konajú výstavy a diskusie) a Múzeum pinballov.

Samostatnú zmienku si zaslúžia ešte dve veľmi obľúbené krakovské múzeá. Prvé z nich je Múzeum poľského letectva, v ktorom sa na území bývalého letiska nachádzajú početné exponáty spojené s históriou letectva, vrátane viac než 200 lietadiel! Druhým, veľmi dôležitým miestom na múzejnej mape Krakova je MOCAK – Múzeum súčasného umenia. Múzeum otvorené v roku 2010 sa nachádza na území bývalej Schindlerovej továrne. Jeho poslaním je prezentovať súčasné umenie a zároveň realizovať vzdelávacie projekty. V stálej expozícii sa nachádzajú práce umelcov z celého sveta. Ide o jedno z turistami najnavštevovanejších múzeí v Krakove. 

Pri hľadaní zaujímavých múzeí sa môžeme vypraviť tiež mimo mesto. Odporúčame napr. Múzeum opátstva sv. Vojtecha v Staniątkách, Múzeum v Tyńci, Regionálne múzeum Miechowska, Kanceláriu umeleckých výstav „U Jaksy” v Miechowe a múzeá nachádzajúce sa v Niepolomiciach: Niepołomické, Fonografie (jediné múzeum tohto typu v Poľsku) a Lesná komora v Niepołomiciach.