Stacja kolejowa w Zakopanem została otwarta w 1899 roku. Inicjatorem i fundatorem kolei do Zakopanego był Władysław Zamoyski. Upamiętnia to tablica pamiątkowa ufundowana w 1999 roku, w 100-lecie jej powstania. Wcześniej górale wozili turystów furmankami. Budowa trasy i pojawienie się kolei wywoływało wśród górali sporo zamieszania. Z jednej strony górale się cieszyli, bo przybywało więcej gości, ale skończył się zarobek na transporcie konnym. W „Kronikach zakopiańskich” opisywany jest zabawny incydent, kiedy przy pierwszym wjeździe parowozu do Zakopanego kilku fiakrów zdjęło portki i gołymi zadkami wypięło się w stronę maszynisty Otto Wolfa, na co on zareagował, polewając ich wodą. W latach 30. XX wieku na polskich torach pojawił się pociąg Luxtorpeda. W roku 1936 ustanowił rekord szybkości przejazdu na trasie Kraków – Zakopane. Pokonał ją w 2 godziny 18 minut. Do dzisiaj ten rekord nie został pobity, choć na przełomie 100 letniej historii stacja w Zakopanem przebudowywana była trzykrotnie. Szlak kolejowy został zelektryfikowany dopiero w 1975 roku. W 2021 roku zakończył się remont generalny i rewitalizacja całego kompleksu. Podupadające zabytkowe obiekty zyskały nowy blask. Budynek dawnej przychodni dworcowej obecnie pełni funkcję kulturalne, będzie się tam między innymi mieścić mediateka. W tym roku ponownie stacja kolejowa została oddana przebudowie. Dla podróżnych została otwarta tymczasowa stacja na Spyrkówce, przy ulicy Chyców Potok. Dodatkowy peron, nowe wiaty i łatwki, tablice informacyjne i ścieżki dotykowe to niektóre ułatwienia, które pojawią się w przestrzeni dworca. Modernizacja potrwa do końca 2023 roku, ale na turystów na stacji tymczasowej czeka komunikacja do centrum miasta, taksówki i busy.