W roku 2005 otwarty został dworzec zastępujący dotychczasowy znajdujący się przy ul. Pawiej (dziś Galeria Krakowska). Małopolskie Dworce Autobusowe S.A. to spółka zarządzająca dworcem, z kolei Województwo Małopolskie pozostaje większościowym udziałowcem. Budynek dworca to kompleksowa przestrzeń mieszcząca kasy, poczekalnie główną oraz poczekalnię nocną, toalety, przechowalnie bagażów, punkty gastronomiczne i inne. Dworzec posiada 39 stanowisk z czego 37 odjazdowych oraz 2 wysiadkowe. Lokalizacja gwarantuje doskonałe połączenie z Dworcem PKP Kraków Główny, a także tunelem Krakowskiego Szybkiego Tramwaju.