Construite en briques, elle fut fondée vers 1340 par Casimir le Grand. La construction fut interrompue après 1348, après l'édification des fondations et des murs du chœur, et elle fut reprise en 1369 par le maçon Cypser. L'église fut consacrée en 1401, mais sa construction ne s’acheva qu’en 1405, lorsque Ladislas Jagellon fit venir des chanoines réguliers du Latran. Des travaux se poursuivirent jusqu'en 1477, le sommet de la façade fut ajouté en 1500, et la tour en 1566-1582. Le monastère fut construit en 1405. C’est une immense basilique gothique monumentale, en brique et en pierre, dotée d'une haute tour. Légère et élancée, elle compte trois nefs, un chœur allongé avec une sacristie, un trésor et un oratoire. Le corps de l'église, qui compte quatre travées, est entouré de chapelles et de porches et doté d’une tour attenante. L'église est reliée au monastère par un passage à arcades. Sous le porche, l'attention est attirée par les anciennes salles de punition, où les pécheurs étaient enfermés. Le mobilier gothique de l'église a été en grande partie remplacé par un mobilier baroque. L'immense maître-autel en bois richement doré, œuvre de l'atelier de Baltazar Kuncz datant de 1637, inclut des peintures de Thomas Dolabella. Les stalles canoniques de style maniériste, datant de 1624-1632, sont décorées de statues de saints et de peintures sur les dossiers provenant de l'atelier de Thomas Dolabella. La chaire du XVIIIe siècle a la forme d'un bateau. Dans le chœur, des fragments de vitraux gothiques de 1430 ont été conservés, réunis en une seule fenêtre. La chapelle abrite le tableau miraculeux de la Madone à la Pomme, peint sur planche au tournant du XVe et du XVIe siècle et attribué au peintre Martin Czarny. L'église possède le plus grand orgue de Cracovie, qui date de 1957 et se compose d’un orgue principal à la tribune et d’un orgue latéral dans le chœur. En 2005, le pape Jean-Paul II a élevé l'église à la dignité de basilique mineure. Des célébrations solennelles y sont organisées le jour de la Fête-Dieu, le 5 mai pour la fête de Saint Stanislas Kazimierczyk et le 28 août pour la fête de  Saint Augustin.