La Universidad Jaguelónica lleva su nombre actual desde el año 1817 para recordar el papel del linaje de los Jagellones en su fundación. Los tormentosos acontecimientos históricos en tierras polacas también dejaron su huella en la universidad. Condenas a muerte masivas de los pedagogos durante la Segunda Guerra Mundial, división en unidades más pequeñas y supresión de determinadas facultades, todo esto influyó en la organización y la actividad de la universidad. Tan solo después del año 1989 la universidad logró la amplia autonomía que le correspondía y finalmente en 1993 volvió a ser una universidad de medicina, en forma de Collegium Medicum.

Entre los más destacados graduados se encuentran tanto políticos prominentes, beneméritos de la historia de Polonia, como eminentes científicos de fama mundial. Merece la pena mencionar al menos a algunos de ellos: Jan Kochanowski, Jan Długosz, Juan III Sobieski, Nicolas Copérnico, Stanisław Wyspiański, Bronisław Malinowski, Roman Ingarden, Karol Wojtyła o Wisława Szymborska.

En la actualidad la Universidad Jaguelónica contrata a más de 4000 empleados y forma a más de 40 000 estudiantes de todo el mundo. Les atrae el nivel de la universidad y un lugar excepcional: Cracovia.

Es obligado visitar los edificios y las aulas de Collegium Maius y Collegium Novum, donde es posible conocer la majestuosidad de la universidad y sentir la atmósfera de la que disfrutaron las más elevadas esferas intelectuales de la historia. Actualmente en el Collegium Maius se encuentra el Museo de la Universidad Jaguelónica, que cuenta con unos valiosos artefactos, entre los que se encuentran instrumentos científicos, cuadros, esculturas, gráficos, dibujos, acuarelas, productos de orfebrería, cerámica, tejidos, etc. A su vez, el Jardín Botánico de la Universidad Jaguelónica, fundado en el año 1783 por iniciativa de la Comisión de Educación Nacional y localizado en la calle Kopernika 27, es un lugar de estudio y descanso disponible para todos.