Zgromadzenia sióstr norbertanek sprowadzono do podkrakowskiej wsi Zwierzyniec w latach 1148–1165. Nie wiadomo kiedy stanęła pierwsza kaplica upamiętniająca siostry, spalona w 1587 roku. W latach 1591–1604 na jej miejscu zbudowano kaplicę cmentarną, wokół której w 1652 roku chowano zmarłych w czasie epidemii cholery. W 1657 roku kaplicę zniszczyli Szwedzi. Kaplicę zachowaną do dziś wzniesiono w latach 1689–1690 z inicjatywy ksieni klasztoru, siostry Justyny Oraczewskiej, na wzgórzu między zespołem klasztornym sióstr norbertanek a kościołem Najświętszego Salwatora. Na cmentarzu przy kaplicy chowano też zmarłych w czasie kolejnych epidemii cholery w latach 1707 i 1709. 
W XIX wieku kaplicę zaczęto łączyć z miejscem dawnych kultów pogańskich i nazwano Gontyną.
Kaplicę kilkakrotnie remontowano w XVIII i XIX wieku oraz w latach 1956–1957 poddano konserwacji kamienne fundamenty, ściany i kopuły, wymieniono szalunek ścian zewnętrznych na gontowy, dobudowano balkon nad wejściem. W latach 1989–1990 przeprowadzono konserwację zrębu budowli, kopuły, latarni i przywrócono szalunek pionowymi deskami.
Drewnianą, barokową kaplicę konstrukcji zrębowej zbudowano na planie ośmiokąta z ośmio-połaciową, krytą gontem kopułą z przeszkloną latarnią. Pod koniec lat 80. XX wieku oszalowano ściany pionowymi desek i zwieńczono profilowanym gzymsem. Portal wejściowy z nadprożem wyciętym w ośli grzbiet, zdobią drzwi z okuciami z XVII wieku. Nad wejściem nadwie-szony jest niewielki balkon.
W wielokrotnie remontowanej kaplicy zachowało się niewiele oryginalnych elementów, wyposażenie z XVII wieku przeniesiono do klasztoru sióstr norbertanek. Dziś w jednoprzestrzennym, skromnym wnętrzu można zobaczyć wczesnobarokowy ołtarz główny z XVII wieku, pochodzący z kościoła Najświętszego Salwatora, z obrazem Chrystusa Salwatora z 1962 roku, pędzla Ludomira Śledzińskiego, oraz ołtarz boczny z XVIII wieku z kościoła świętego Wojciecha. Jednym z ciekawszych jest krucyfiks z 1939 roku, dzieło Bronisława Langmana.

Od 2008 roku przed kaplicą stoi pomnik Jana Pawła II, dzieło Czesława Dźwigaja.

Salwator to malownicze osiedle willowe z początku XX wieku położone na terenie dawnej wsi Zwierzyniec. Zajmuje ono szczytowe partie Sikornika w Pasmie Słowińca, zwanego również Wzgórzem świętej Bronisławy. Przez Salwator wiedzie trasa spacerowa prowadząca na Kopiec Kościuszki, do Lasu Wolskiego i Bielan. W pobliżu znajdują się: klasztor sióstr norbertanek, kościół świętych Augustyna i Jana Chrzciciela oraz kościół Najświętszego Salwatora konsekrowany w 1148 roku, jedne z najstarszych zabytków Krakowa.

Kaplica znajduje się na Szlaku Architektury Drewnianej w Małopolsce.