Die im Museum präsentierte Ausstellung ist der Geistigkeit und Kultur des Zisterzienserordens gewidmet, die sowohl unter dem Gesichtspunkt des materiellen Beitrags zur Entwicklung Europas als auch des immateriellen Erbes verdeutlicht werden. Die Ausstellung zeigt die Hinterlassenschaft der Zisterzienser sowohl vor dem Hintergrund der umfangreichen Geschichte des gesamten Ordens als auch ihre lokale Dimension, also in Bezug auf die Vergangenheit der Abtei in Mogiła.
Im Museum kann man die wertvollsten Kunstwerke aus den Beständen der Abtei in Mogiła und auch die herausragendsten Exemplare aus der Büchersammlung der Klosterbibliothek sehen. Die Ausstellung hat teilweise multimedialen Charakter. Eine unzweifelhafte Attraktion bilden architektonische, oft interaktive Modelle von Gebäuden der Zisterzienser.
In den Museumsräumen wird die Geschichte des Zisterzienserordens auf eine moderne Weise vermittelt, und zwar die seiner weltweiten Tätigkeit, aber vor allem seine Vergangenheit im Inland, besonders in Mogiła, wo 1222 Bischof Iwo Odrowąż die Abtei stiftete. Aus dem im Laufe der Jahrhunderte gebildeten, tausende Exemplare umfassenden Bestand der Bibliothek sowie des Klosterarchivs wurden ausgewählte Bücher und Manuskripte präsentiert. Neben Gegenständen der Goldschmiedekunst wurden auch liturgische Gewänder aus dem späten 17. Jahrhundert ausgestellt, die der im Kloster gängigen Überlieferung nach ein Geschenk des Königs Johann III. Sobieski waren. In den Museumsräumen werden außerdem frühere technische Installationen gezeigt, für die einst die Zisterzienser bekannt waren, u. a. ein Hypokaustenofen, der zur Beheizung der Klosterräume mit Warmluft diente, die über Kanäle in den Fußböden und Wänden der Räume verteilt wurde. Präsentiert wird auch ein bei Ausgrabungsarbeiten entdeckter Kanal, durch den das Wasser des Bachs Młynówka durch das Abtshaus geleitet wurde. Dieses trieb also nicht nur Geräte der in der Nähe gelegenen Mühle und der Schmiede an, sondern diente auch zur Reinigung der Klosterlatrinen. Abgeschlossen wird die Museumsausstellung mit der Geschichte des Gnadenkruzifixes in Mogiła sowie Informationen über den Besuch des Heiligen Vaters Johannes Paul II. im Jahr 1979.