Najcenniejsze zbiory sztuki sakralnej zgromadzono m.in. w Muzeum Archidiecezjalnym w Krakowie (malarstwo, rzeźba, rzemiosło artystyczne od XIII do XIX w., pamiątki związane z Karolem Wojtyłą) czy najstarszym w Polsce Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie (rzeźba gotycka, malarstwo, paramenty kościelne).  Z osobami świętych i błogosławionych związane są np.: Muzeum Brata Alberta w Krakowie, Muzeum Domu Rodzinnego Jana Pawła II w Wadowicach, izba poświęcona bł. Karolinie Kózkównie w miejscowości Wał-Ruda. Dzięki działalności misyjnej powstało muzeum oo. Redemptorystów w Tuchowie czy Muzeum Misyjne Zgromadzenia Księży Misjonarzy św. Wincentego a Paulo.

Małopolska posiada także wiele pamiątek judaistycznych po społeczności żydowskiej mieszkającej tu przed II wojną światową. Obecnie największe kolekcje judaików zgromadzono: w Starej Synagodze w Krakowie (obiekty związane z religią i obrzędowością); Fabryce Emalia Oskara Schindlera i Aptece pod Orłem (martyrologia Żydów krakowskich w czasie II wojny).